Kid prévoit de voler une Pierre précieuse du nom de Crystal Mother appartenant à la reine d'un grand pays qui est à bord d'un train ralliant Tokyo à Osaka. Accompagné d'Aoko et de Nakamori, Kaito tente de découvrir l'endroit dans lequel la Reine a caché le joyau. Mais l'Organisation se voit embarquer à bord du train avec Snake et Spider, celui-ci se cachant parmi la garde rapprochée du jeune Prince, Philippe.
